在留手数料が10月1日から最大12倍に。採用企業は誰が払う？今すぐできる3つの対策

出入国在留管理庁は、在留資格の変更許可・在留期間の更新許可・永住許可の手数料を2026年（令和8年）10月1日から改定します。これまでは在留期間にかかわらず一律（窓口6,000円／オンライン5,500円）でしたが、改定後は許可される在留期間に応じた段階制になります。

永住許可申請は10,000円から200,000円になります（オンライン割引なし）。特定技能1号は在留期間「1年」の付与が大半のため、オンライン申請でも5,500円→27,000円と約5倍、しかも毎年発生します。

経過措置として、2026年9月30日までに受付された申請は、許可が10月1日以降になっても改定前の手数料で済みます。更新申請は在留期限の3か月前から可能です。

• 在留期限が2026年12月末までのスタッフ → 9月30日までに申請すれば差額（オンラインで21,500円／人）を節約できます
• まず自社の外国人スタッフの在留期限一覧を作り、該当者を洗い出してください
• 申請書類の準備には数週間かかります。該当者がいる場合は今週中に動き始めるのが安全です

法令上「会社が負担すべき」「本人が負担すべき」という決まりはなく、各社の方針に委ねられています。整理すると次のとおりです。

• 法的な原則：在留資格の更新は本人の手続きなので、法定手数料は本人負担と解釈されます
• 海外からの採用時（在留資格認定証明書の交付申請）は、ほとんどの企業が会社負担にしています
• 更新時は「全額会社負担」「全額本人負担」「折半」「法定手数料は本人・書類作成の委託費は会社」など企業によって分かれています
• 特定技能の注意点：義務的支援にかかる費用を本人に負担させることは禁止です。一方、更新の法定手数料や申請の委託費用は本人負担とすることも可能です。この区別を正確に押さえてください

登録支援機関として多くの企業と外国人材に接してきた経験から、次の組み合わせをおすすめしています。

1. 更新の法定手数料は会社負担（または勤続年数に応じた段階的負担）を基本にする。今回の値上げは本人に責任のないコストで、本人負担化は実質的な賃下げと受け止められ、人材流出のリスクになります。逆に「更新費用は会社負担」と明示すれば採用市場での差別化になります。
2. オンライン申請を活用する。1年区分で窓口より6,000円安く、出頭の手間も減ります。
3. 負担ルールを雇用契約書・就業規則等に明記する。トラブルの大半は「決めていなかった」ことが原因です。

27,000円は月に直すと2,250円。特定技能1名の入れ替えには初期費用約50万円と教育の負担がかかることを考えると、「駐車場1台分より安い定着投資」と言えます。当社では、自社で支援する人材についてこの方針をすでに実施しています。

• 給与から控除するなら労使協定の締結（労働基準法24条ただし書）と本人の書面同意が必要です。協定書に控除項目「在留資格申請手数料」を明記します
• NG設計①「退職時は返還」→ 労働基準法16条（賠償予定の禁止）に抵触するおそれ
• NG設計②「会社が立て替えて分割控除」→ 貸付と相殺とみなされ労働基準法17条・24条のリスク。入管審査の心証にもマイナス
• 折半は控除の手間の割に節約が年13,500円。やるなら全額どちらかに寄せた方が運用は楽です
• 会社負担分の経理処理（損金・給与課税の整理）は顧問税理士にご確認ください

1. 在留期限の棚卸し：期限が2026年12月末までの人は9月30日までに申請受付を
2. 費用負担ルールの明文化：改定前のいま、社内ルールを決めて契約書・規程に反映
3. 長期の在留期間の取得：技術・人文知識・国際業務などでは3年・5年が許可されれば年あたりの負担は下がります。安定した雇用と適正な受入体制が好材料になります

NIJIWORKSでは、在留期限一覧の作成と駆け込み更新のスケジュール管理、オンライン申請を含む更新手続きのサポート、費用負担ルール（規程・契約書条項）の文案づくりをお手伝いしています。